Вот тут Admin Zone Forums - MySQL Server Tweaking Basic обсуждают настройку MySQL, сохраню ка, я это себе, там есть что почитать.
А вот тут приводят волешбный конфиг, его тоже надо изучить
Magical config for high performance
[client]
#password = your_password
port = 3306
socket = /tmp/mysql.sock
[server]
port=3306
socket=/tmp/mysql.sock
user=mysql
datadir=/var/db/mysql/
basedir=/usr/local
max_connections=3000
max_connect_errors=10
table_cache=2048
max_allowed_packet=1M
binlog_cache_size=1M
max_heap_table_size=64M
sort_buffer_size=64K
join_buffer_size=1M
thread_cache=16
thread_concurrency=16
thread_stack=196K
query_cache_size=0
ft_min_word_len=4
default_table_type=MYISAM
transaction_isolation=REPEATABLE-READ
tmp_table_size=64M
skip-locking
server-id=1
innodb_status_file=0
innodb_data_home_dir=/var/db/mysql/
innodb_data_file_path=ibdata1:100M:autoe
xtend
innodb_log_group_home_dir=/var/db/mysql/
innodb_buffer_pool_size=500M
innodb_additional_mem_pool_size=20M
innodb_log_file_size=900M
innodb_log_files_in_group=2
innodb_log_buffer_size=8M
innodb_flush_log_at_trx_commit=1
innodb_lock_wait_timeout=300
innodb_locks_unsafe_for_binlog=1
innodb_thread_concurrency=0
